Kaupiamoji veikla - įvairių judaikos eksponatų paieška ir kaupimas muziejaus fonduose;

• Įsigyja, tiria ir sistemina muziejinę bei istorinę ir meninę vertę turinčius eksponatus, formuoja muziejaus rinkinius, atspindinčius Lietuvos žydų istoriją, kultūrą ir meną;
• Užtikrina sukauptų muziejinių vertybių apskaitą, tinkamas saugojimo sąlygas ir apsaugą, jų konservavimą ir restauravimą;
• Kaupia informaciją apie muziejines vertybes, atspindinčias Lietuvos žydų istoriją ir kultūrą, esančias kituose Lietuvos muziejuose, įstaigose bei privačiuose rinkiniuose

Ekspozicinė veikla -  nuolatinių ekspozicijų, kilnojamų ir nekilnojamų parodų rengimas;

• Sudaro sąlygas muziejuje saugomų muziejinių vertybių viešam naudojimui: rengia nuolatines,  laikinas, kilnojamas ir virtualias ekspozicijas, ruošia parodas bei kitus renginius (minėjimus, koncertus, susitikimus, pristatymus ir kt.) muziejuje, Lietuvoje ir užsienyje
• Pristato Muziejų interneto svetainėje parodomis, virtualiomis ekspozicijomis;

Tiriamoji ir mokslinė veikla - archyvuose tiriama Lietuvos žydų istorija, kultūra bei jos naikinimas;

• Tiria ir sistemina įvairaus pobūdžio informaciją apie Lietuvos žydų istoriją, kultūrą ir holokaustą.
• Bendradarbiauja ir keičiasi informacija su kitomis mokslo ir kultūros institucijomis.

Leidybinė veikla - periodinių leidinių, monografijų, skaitinių, dokumentų rinkinių publikavimas;

• Rengia, leidžia ir platina su Muziejaus veikla susijusius spaudinius ir informaciją elektroninėse laikmenose, publikuoja tyrimų rezultatus
• Platina informaciją interneto svetainėje

Edukacinė veikla -  edukaciniai projektai su Lietuvos mokyklomis, kraštotyros muziejais ir kitų šalių kultūrinėmis institucijomis;

• Kartu su švietimo įstaigomis rengia ir vykdo moksleivių lavinimo programas.
• Prisideda prie darbuotojų, dirbančių su atitinkamos rūšies muziejuose esančiais rinkiniais, tobulinimo programų rengimo ir vykdymo.
• Rengia specializuotas ekskursijas ir kitokio pobūdžio edukacines programas.
• Teikia informaciją ar padeda ją surasti dėl savo šaknų paieškos atvykusiems iš užsienio litvakams.