Muziejaus ekspozicija įsikūrusi trijuose aukštuose:
1-asis aukštas – Tapatybės šaknys
Čia atsiskleidžia žydų gyvenimo Lietuvoje pradžia – nuo judaizmo ir religinių praktikų iki gyvenimo štetluose bei Vilniaus Didžiosios sinagogos paveldo.
2-asis aukštas – Kūrybos galia
Šis aukštas skirtas literatūrai, muzikai, teatrui ir dailei. Taip pat galite išgirsti tikrų Lietuvos žydų pasakojimus apie tapatybę, šeimą ir prisiminimus.
3-asis aukštas – Rafaelio Chvoleso muziejus
Išskirtinė erdvė, skirta žymaus vilniečio dailininko gyvenimui ir kūrybai. Jo istorija – tai langas į sudėtingą XX a. pirmosios pusės pasaulį. Dailininko paveikslus muziejui padovanojo jo sūnūs iš Paryžiaus.