Žemaitijos regiono centre esančio Varnių miestelio istorija prasideda nuo XIV a. čia minimos Medininkų gyvenvietės ir pilies, žinomos dėl mūšių su kryžiuočiais. Per miestelį tekanti Varnelės upė dalijo dabartinius Varnius į dvi gyvenvietes: dešiniajame krante buvo Medininkai, o kairiajame Varnelės krante XV a. ėmė kurtis Varniai. Ilgainiui gyvenvietei prigijo hidronimas ir vietovė tapo Varniais. 

Žemaitija buvo vienas paskutiniųjų pagoniškių Lietuvos didžiosios kunigaikštystės žemių, tad skleidžiant krikščionybę šiame regione Medininkai (vėliau Varniai) buvo pasirinkti Žemaitijos vyskupystės centru. Krikščionybės skleidimas krašte nesiėjo sklandžiai, tad malšinti kylančių neramumų čia vyko net pats LDK kunigaikštis Vytautas Didysis. Krašto kristianizacija sąlygojo tai, jog XV a. čia pirmiausia pastatyta bažnyčia, o vėliau ir katedra. Varniai pirmieji Žemaitijoje gavo savivaldos teises. Ilgainiui vietovės reikšmė augo ir XVII a. I p., po karų su švedais, Varniams suteiktos Magdeburgo miesto teisės, leista rengti turgų ir metinius prekymečius. Užbaigus Varnių katedros statybas, XVIII a. iš Kražių atkelta dvasininkų seminarija. Praktiškai tuo metu - XVIII a. Varniai pradeda intensyviai plėstis: seminarijai ir jos personalui aptarnauti miestelyje pastatyti namai. Aplink seminariją kylantys nauji pastatai sąlygojo radialinį miestelio plano susiformavimą. Varniams augant, kaip Žemaitijos vyskupystės centrui, auga ir gyventojų skaičius, kyla amatininkų ir prekybininkų paklausa, kurią užpildė žydai. Pirmiausiai, siekiant gauti pajamų, vyskupai žydams suteikė leidimus laikyti karčemas, prekiauti alkoholiu, rinkti mokesčius. Galima teigti, jog XVIII a. jau pilnai susiformuoja Varnių žydų bendruomenė. 

Rusijos carinei valdžiai XIX a. įvedus ribojimus žydams bei Sėslumo zoną, nemaža dalis žydų buvo įkalinti štetluose. Varnių miestelio gyvenimas dar kartą pasikeičia numalšinus 1863 m. sukilimą - po jo caro valdžia uždraudė Varnių kunigų seminarijos veiklą, ją perkėlė į Kauną. Buvusios kunigų seminarijos pastate įkūrė kareivines. Rusijos imperijos karių garisonui taip pat reikėjo užtikrinti atitinkamas prekes ir paslaugas, tai tapo papildomu pajamų šaltinių vietiniams žydams, tačiau amžiaus pabaigoje kyla emigracijos banga, nemažai galimybių turinčių žydų renkasi emigruoti į JAV, PAR ir kt. Tarpukariu aktyviai veikiant sionistinėms organizacijoms atsiranda nauja emigracijos kryptis - tuometinė Palestina, kurią renkasi nemaža dalis žydų jaunuolių. XIX a. pab. Varniuose buvo 3121 gyventojas, iš kurių 1226 žydai, sudarę 39% visų gyventojų dalį. Nepaisant tradicinių žydų pragyvenimo šaltinių, kaip amatai ir prekyba, nemaža dalis Varnių apylinkių žydų užsiėmė žemdirbyste ir ūkininkavimu. Žymiausiam Varnių žydui ūkininkui Moteliui Šeiferiui priklausė vandens malūnas. 

Varniuose žydai turėjo didelę medinę sinagogą bei kelis mažesnius maldos ir studijų namus. Kurį laiką miestelyje veikė ješiva. Po Pirmojo pasaulinio karo žydų bendruomenė sumažėja, 1920 m. duomenimis miestelyje gyveno 800 žydų. Tarpukariu Varnių žydų bendruomenė gyveno gana paprastai: didžioji dalis žydų gyvenamųjų pastatų buvo mediniai, aptriušę. Varnių miestelio pastatai, o kai kur ir jų gyventojai, užfiksuoti fotografo Kazimiero Bogumilos fotografijose. Juose užfiksuoti senieji Varniai, daugybė žydų medinių trobelių, kurios sudegė Antrojo pasaulinio karo metu besitraukiant sovietų kariams. Didžioji dalis žydų liko be pastogės.

Prieš Holokaustą Varniuose gyveno apie 700 žydų, kurių dauguma nužudyta. 1941 m. vasarą, Lietuvą okupavus nacistinei Vokietijos valdžiai, prasidėjo žydų persekiojimas ir žudynės. Gelbėti dalį žydų ėmėsi Varnių klebonas Juozas Gasiūnas, manydamas, jog naciai nelies žydų, pakrikštijo kelias žydų šeimas. Vėliau padėjo organizuoti žydų gelbėjimą ir slėpimą.
Nedidelis Varnių miestelis išugdė ne vieną žymę asmenybę. Varniuose gimė žymus menininkas Borisas Šacas (1867-1932), kuris dar vadinamas ,,Izraelio meno tėvu“, įkūrė Becalelio žydų dailės mokyklą. Varniuose taip pat gimė Jakovas Dovydas Kamzonas (1900-1980), nuo 1926-ųjų apsigyvenęs tuometinėje Palestinoje, kur išgarsėjo kaip rašytojas, publicistas, sukaupė ne menką Lietuvos štetlų fotografijų kolekciją, kuriuose gausu senųjų tarpukario miestelių žydų architektūros ir kasdienybės atvaizdų.

Varniai (Vorne/ וואָרנע)

The history of Varniai begins with the settlement of Medininkai and a castle, mentioned in the 14th century. Varniai was the first town in Samogitia to be granted autonomy. In the first half of the 17th century, Varniai was granted Magdeburg rights, and was allowed to hold a market and annual fairs. 

As the town of Varniai grew, so did the demand for craftsmen and traders, in which Jews were involved. Bishops granted Jews permission to run taverns, sell alcohol and collect taxes. The Jewish community was established in Varniai in the 18th century. 

In Varniai, Jews had a large wooden synagogue and several smaller houses of worship and study. A yeshiva operated in the town for some time. In the interwar period, most of the Jewish residential buildings were wooden.At the end of the 19th century, Varniai had a population of 3,121 inhabitants, about 40% of whom were Jews. After World War I, the Jewish community decreased. 

Before the Holocaust, about 700 Jews lived in Varniai. Most of them were murdered during the Holocaust.

Boris Schatz (1867-1932), known as the father of Israeli art and founder of the Bezalel Academy of Arts and Design, was born in Varniai, as well as Yaakov David Kamzon (1900-1980), a writer and poet.