Nemuno ir Merkio upių santakoje esanti Merkinė minima nuo 1359 m., kaip svarbus gynybinis punktas, saugojęs LDK sostinę Vilnių nuo priešų antpuolių iš vakarų. Ant stataus šalia Merkio upės esančio piliakalnio kadaise stovėjo pilis, šalia kurios egzistavusi gyvenvietė davė pradžią miestelio atsiradimui. Pasibaigus Vokiečių ordino antpuoliams, Merkinė palengva virto miestu: susiformavo turgaus aikštė, pastatyta parapinė bažnyčia, veikė karčiama, kūrėsi amatininkai ir pirkliai. Tad XV a. antrojoje pusėje Merkinė tapo vienu svarbiausių dabartinės Lietuvos teritorijoje esančių miestų, kuriam 1569 m. buvo suteiktos Magdeburgo teisės.
Pirmosios užuominos apie Merkinėje gyvenančius žydus mus pasiekia iš XVI a. antrosios pusės, tačiau didesnė bendruomenė susiformavo tik XVIII a. Valdovai, atsižvelgdami į Merkinės miestiečių nuogastavimus, suteikė privilegijas, apribojusias žydų teises gyventi mieste. Skaičiuojama, jog 1765 m. miestelyje gyveno 253 žydai, o 1837 m. iš visų 2084 Merkinėje gyvenančių žmonių, net 1456 buvo žydų tautybės. XIX a. pabaigoje – XX a. pradžioje, dėl emigracijos, daugiausiai į JAV ir PAR bei tuometinę Palestiną, žydų bendruomenė pradėjo mažėti.
XVIII a. pabaigos šaltiniuose nurodoma, jog pirmoji mums žinoma sinagoga stovėjo Nemunaičio gatvėje. XIX–XX a. nusistovėjo žydų gyvenamoji erdvė mieste: dauguma namų juosiančių pagrindinę turgaus aikštę priklausė žydams, koncentruotai žydai gyveno ir netoliese esančiose Nemunaičio, Bakšio bei Vilniaus gatvėse. Tarpukariu Merkinėje buvo 3 žydų maldos namai stovėję viename kieme vadintame šulhoifu.
Pro miestelį ėjęs kelias jungęs Vilnių ir Gardiną bei šalia tekantis Nemunas sudarė palankias sąlygas prekybai. Nuo seniausių laikų vietos žydai puikiai išnaudojo šias sąlygas, plukdydami sielius Nemuno upe. XIX a. vietos žydai daugiausiai vertėsi prekyba ir smulkiais amatais. Miestelyje veikė daug parduotuvių, smulkių įmonių, tačiau žydams priklausė ir lengvosios pramonės dirbtuvės: malūnai, lentpjūvės, audinių dažykla, odų apdirbimo fabrikas bei vietos gyventojų gyvenimą pasaldinę gazuotų gėrimų bei saldainių fabrikėliai. Merkinės žydai vertėsi ir skirtingų paslaugų teikimu: pavyzdžiui Dariaus ir Girėno aikštėje stovėjo keletas žydams priklausiusių restoranų ir viešbutis. Vietos gyventojų tarpe itin gerbiamas buvo gydytojas Dovydas Turecas.
Tarpukariu Merkinėje veikė valstybės įsteigta jidiš mokykla, taip pat Talmud Tora ir Javnė tinklo mokyklos. Įprastai baigę šias mokyklas jauni vaikai tęsdavo mokslus Alytuje arba Kaune. Miestelyje veikė ir įvairios bendruomeninės organizacijos. Dar 1906 m. daugiausia vietos žydų pastangomis buvo įkurta savanorių ugniagesių draugija, kurios daugumą narių sudarė žydai. Gaisrininkai ne vien rūpinosi miesto pastatų ir gyventojų turto saugumu, jiems priklausiusiame angare kartkartėmis buvo rodomas kinas. Merkinėje taip pat veikė sporto organizacija Makabi, biblioteka, žydų liaudies banko skyrius bei įvairios labdaros organizacijos, padėjusios vargingiems bendruomenės nariams išgyventi.
Antrojo pasaulinio karo metu, 1941 m. rugsėjo mėnesio pradžioje Merkinės žydai buvo suvaryti į sinagogas ir mokyklą, kur buvo laikomi 5 dienas. Iš ten, vyrai ir moterys buvo atskirai išvežami. Tų pačių metų rugsėjo 10 d. šalia Merkinės žydų kapinių esančiame pušyne vokiečių kariai padedami vietos kolaborantų iš viso nužudė 854 žydus.
Merkinėje gimė ar užaugo ne viena ryški asmenybė, keletas iš jų: žymus JAV teisininkas, sionistas Davidas Elijas Staunas (1889–1952), kuris 1919 m. inicijavo Lietuvos nepriklausomybės pripažinimą JAV kongrese; JAV filologas Maksas Leopoldas Margolis (1866–1932).
Merkinė (Meretsh, מערעטש)
The castle, which stood next to the Merkys River since the 14th century, gave birth to the town of Merkinė. Eventually, Merkinė became a town, when in 1569 it was granted the Magdeburg rights. The first mention of Jews living in Merkinė dates back to the second half of the 16th century. But it was not until the 18th century that a larger community was established.
Historical sources from the end of the 18th century indicate that the first synagogue stood on the present-day Nemunaičio Street. In the 19th and 20th centuries, the city had a well-established Jewish residential area. Most of the houses surrounding the main Market Square were owned by Jews, and Jews also lived densely in the nearby streets of what are now Nemunaičio, Bakšio and Vilniaus streets.
In 1765, 253 Jews lived in the town, and in 1837 this number had risen to 1,456. At the end of the 19th century and in the 20th century, emigration reduced the size of the local Jewish community, but Jews continued to make up the majority of Merkinė’s population.
At the beginning of September 1941, the Jews of Merkinė were rounded up in synagogues and a school and kept there for five days. From there, men and women were taken away separately, and on September 10 of that year, 854 Jews were murdered in a pine forest near the Jewish cemetery in Merkinė.
Prominent personalities were born or grew up in Merkinė, including Elihu David Stone (1889-1952), a famous Zionist lawyer from the USA, who initiated the recognition of Lithuania’s independence by the US Congress in 1919, and Max Leopold Margolis (1866-1932), an American philologist.